Vuoden 1972 Münchenin olympialaisista tuli valitettavasti tunnetuksi ei järjestäjien tai urheilijoiden ansioiden takia. Silloin tapahtui terrori-isku, josta tuli yksi pahimmista tapahtumista, jotka ovat koskaan varjostaneet olympialaisia.
Münchenissä syyskuussa 1972 pidetyistä XX-olympialaisista tuli pahamaineinen, koska Palestiinan terroristit hyökkäsivät Israelin valtuuskunnan edustajiin. KOK, kuten Saksan viranomaiset, tiesivät hyvin, että olympialaisissa tapahtuu terrori-isku, ja analyytikot ennustivat jopa 26 mahdollista skenaariota sen käytökselle, jotta tapahtuman järjestäjät voisivat mukauttaa toimintaansa ja tarjota suojaa olympiakylän asukkaille. Valitettavasti tarvittavia toimenpiteitä ei ole kuitenkaan toteutettu.
Osana terrori-iskun syytä oli kielto osallistua Palestiinan nuorten liittoon XX-olympialaisiin. Musta lokakuu -ryhmän tarkoituksena oli vangita Israelin urheiluvaltuuskunnan edustajat myöhemmäksi panttivankien vaihtamiseksi tuolloin vankilassa olleille palestiinalaisille terroristeille. Lisäksi heidän suunnitelmiinsa kuului useiden urheilijoiden tappaminen, mikä mahdollistaisi lisäpaineen Israelin viranomaisille ja jota ei liitettäisiin tarpeeseen käsitellä suoraan poliitikkoja itseään, joihin oli paljon vaikeampi päästä.
Varhain 5. syyskuuta aamulla kahdeksan terroristia, jotka harjoittelivat puvut ja aseet täynnä aseita, saapuivat olympiakylään. Heidät havaittiin, mutta kylän ihmiset päättivät olevansa urheilijoita. Saavuttuaan rakennukseen, jossa israelilaiset asuivat, terroristit räjähti sisälle, ampuivat kaksi urheilijaa ja otti yhdeksän ihmistä panttivangiksi. Neuvottelijoiden heikko pätevyys ja heikko ammatillinen koulutus sekä panttivankien vapauttamisoperaatio saivat kaikki 9 vangittua urheilijaa kuolemaan kolmen terroristin eloonjäämisen jälkeen, minkä jälkeen Saksan viranomaiset vapauttivat heidät. Hyökkäyksen uhrit olivat myös helikopterilentäjä ja yksi poliisi.
Juuri vuonna 1972 KOK päätti ensimmäisen kerran yhden päivän tauosta pelien pitämisessä. Monet urheilijat ja vieraat lähtivät Münchenistä pelkääessään henkensä. Israelilaisilta evättiin luovuttaminen selviytyneiden terroristien Samir Mohammed Abdullahin, Abdel Khair Al Dnaouin ja Ibrahim Masoud Badran oikeudenkäynnissä. Saksan viranomaisten maine oli pilaantunut toivottomasti, eivätkä he onnistuneet pesemään Münchenin häpeää pian. Myöhemmin Saksassa perustettiin erityisyksikkö terrorismin torjumiseksi, jonka ansiosta panttivankeja vapauttavien operaatioiden toteuttaminen oli menestyksekkämpää kuin vuonna 1972.
